Hur man gör agarosgeler

Innehåll

vägbeskrivning
Framställning av agarosgelén
varning
Vad du behöver

Agarosgeler tillverkas av forskare som arbetar i molekylärbiologilaboratorier för att studera DNA-fragment som modifieras under experimentellt arbete. Tekniken att göra agarosgel är en grundläggande rutinmässig skicklighet som måste hanteras av alla forskare, eftersom det möjliggör direkt visualisering av olika storlekar av DNA för verifiering och genkloning. Även om gelberedning inte är svårt, som med alla laboratorieprocedurer, bör den endast försökas av en professionell som är vetenskapligt utbildad på grund av de biologiska riskerna.

vägbeskrivning

Hur man gör agarosgeler (Comstock Images / Comstock / Getty Images)

Framställning av agarosgelén

Se till att gelbaserna inte har några sprickor eller något som kan orsaka att den heta agarosen läcker ut. Rengör brickorna med 70% alkohol och låt dem torka helt. Basen har två öppna ändar och två slutna ändar. I vissa format är klämmor försedda med dem för att stänga ändarna, men de flesta måste förseglas genom att placera bandremsor mellan de öppna delarna. Tryck bandet ordentligt och säkert, eftersom de kan röra sig bort från hållaren och låt den heta agarosen läcka.
Baserat på storleken på DNA-fragmentet som ska separeras och analyseras på agarosgel bestäms lämplig procentandel som kommer att behövas. Till exempel vid 1% (vikt / volym) kommer agarosgelen att vara effektiv för analysen av DNA-segment på 0,5 till 10 kb. Ju högre procentandel (mer agaros) desto mindre är fragmenten som kan separeras. Rutinförsök utnyttjar ett intervall av 0,5% till 2% agaros. För 1% agarosgel, väga 1 g agarospulver i ett kemiskt förband eller annat inneslutningssystem. Överför försiktigt till gelens laboratorieberedningsområde.
I det lämpliga gelberedningsområdet mäter 100 ml elektroforesbuffert. Det bör vara vid rumstemperatur. Överför agarospulvret till en brandbeständig kolv och häll den uppmätta volymen av elektroforesbuffert. Värm upp blandningen försiktigt i en mikrovågsugn, men koka inte den, eftersom indunstning kan förändra den procentuella andelen agaros som finns. Se till att all agaros är upplöst, skaka för att blanda ordentligt, låt svalna något och tillsätt sedan 0,5 mikrogram per milliliter etidiumbromid. Andas inte in någon ånga eftersom detta kan irritera lungorna och slemhinnorna. Värm inte heller lösningen efter att etidiumbromiden har tillsatts. Skaka igen för att blanda, och sedan, medan lösningen fortfarande är tillräckligt het för att spillas, skicka den in i den beredda basen. Observera att om en stor volym prov eller en liten koncentration av DNA är närvarande kan en tjockare gel göras. De finare gelerna är emellertid lättare att analysera eftersom de blir tydligare fotograferade.
Sätt in kammen i gelén för att skapa spår eller brunnar för att provet ska placeras. Låt det svalna till rumstemperatur i flera timmar eller i kylskåpet i några minuter. I det senare fallet bör närvaron av agaroskristaller observeras när gelén är klar. Generellt försvinner de om gelén får värmas till rumstemperatur på en bänk i några minuter före användning. Ta försiktigt bort kammarna för att inte riva gelen eller bryta brunnarna. Agarosgelén är nu klar att användas. Om den inte används omedelbart måste den vikas in i cellofan eller förvaras i en plastbehållare i kylskåpet för att förhindra att den torkar ut eller smälter.

varning

De använda reagenserna är möjliga carcinogener och bör hanteras med försiktighet och adekvat skydd. Om ett fel begås under beredningen av gelén, bör den aldrig uppvärmas, men elimineras och en ny gel prepareras igen.